噬菌體藥理學(xué)及其實(shí)驗(yàn)方法

緒論：噬菌體群體治療藥理學(xué)方法和框架1

第1部分基礎(chǔ)噬菌體學(xué)23
1水和土壤中噬菌體的富集25
2環(huán)境樣品中噬菌體的分離方法31
3溶原誘導(dǎo)法分離噬菌體39
4氯化鐵絮凝回收海水中的噬菌體46
5陰離子交換色譜法純化噬菌體52
6噬菌體計(jì)數(shù)——雙層平板法60
7噬菌體計(jì)數(shù)——直接涂板法66
8噬菌體的計(jì)數(shù)——微量滴定板法69
9噬菌體的電鏡觀察72
10噬菌體宿主范圍和裂解率的測(cè)定82
11噬菌體對(duì)細(xì)胞吸附率的測(cè)定88
12一步生長(zhǎng)曲線測(cè)定92
13利用純化受體測(cè)定噬菌體的失活動(dòng)力學(xué)97
14噬菌體突變株的構(gòu)建100
15裂解性噬菌體的普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)110
16噬菌體的高通量篩選119
17家蠶幼蟲(chóng)模型在噬菌體治療實(shí)驗(yàn)中的應(yīng)用123
18大蠟螟幼蟲(chóng)替代動(dòng)物作為感染模型分析病原菌致病力的應(yīng)用130
19果蠅感染模型和評(píng)價(jià)噬菌體抗菌效果的應(yīng)用137
20浮萍和紫苜蓿作為細(xì)菌感染模型系統(tǒng)的應(yīng)用143
21雞胚致死試驗(yàn)評(píng)估噬菌體治療效果的應(yīng)用149
22噬菌體-生物膜相互作用的評(píng)價(jià)技術(shù)154
23使用噬菌體FISH法檢測(cè)單細(xì)胞水平的噬菌體感染161
24酶譜分析噬菌體裂解蛋白的肽聚糖水解活性177
25即食食品中噬菌體效果的定量測(cè)定183

第2部分噬菌體生物信息學(xué)189
26噬菌體的分類與命名191
27病毒組研究方法194
28常見(jiàn)細(xì)菌的噬菌體201
29噬菌體研究的網(wǎng)絡(luò)資源219
30噬菌體表征的必要步驟：生物學(xué)、分類學(xué)和基因組分析224
31使用RAST對(duì)噬菌體基因組注釋238
32噬菌體基因組數(shù)據(jù)的可視化分析：比較基因組學(xué)和作圖244
33噬菌體裂解物的制備和DNA純化260
34脈沖場(chǎng)凝膠電泳（PFGE）測(cè)定噬菌體基因組大小266
35噬菌體基因組末端的高通量測(cè)序分析271
36通過(guò)分析有尾噬菌體基因組的末端確定DNA包裝策略290
37來(lái)自單一噬菌斑的雙鏈DNA噬菌體的基因組測(cè)序304
38利用感染裂解性噬菌體的細(xì)胞構(gòu)建cDNA文庫(kù)以使用RNA-Seq進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析308
39熒光定量PCR測(cè)定宿主菌和噬菌體mRNA的表達(dá)315
40噬菌體的純化以及噬菌體結(jié)構(gòu)蛋白的SDS-PAGE分析324
41噬菌體蛋白質(zhì)組學(xué)：質(zhì)譜的應(yīng)用332

第3部分噬菌體應(yīng)用341
42噬菌體治療343
43使用Strep-tagⅡ純化分析噬菌體-宿主的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用349
44用于分枝桿菌藥物敏感性試驗(yàn)的熒光桿菌噬菌體363
45工程噬菌體生物傳感器370
46將噬菌體基因組導(dǎo)入大腸埃希菌的電穿孔法379
47枯草芽孢桿菌噬菌體SPO1的定點(diǎn)突變384
48電穿孔DNA噬菌體重組技術(shù)（BRED）在裂解性噬菌體基因操作中的應(yīng)用391
49用親和層析法分離競(jìng)爭(zhēng)性噬菌體修飾展示的T4噬菌體401
50用于檢測(cè)和生物防控的噬菌體及其蛋白質(zhì)的固定化407
51銅綠假單胞菌噬菌體中編碼生長(zhǎng)抑制性O(shè)RFan的篩選420
52噬菌體展示技術(shù)432