放線菌系統(tǒng)分類技術

第1章放線菌系統(tǒng)分類學概論1
1.1放線菌分類學的發(fā)展1
1.2放線菌的多相分類10
1.3如何使用現代技術對放線菌分類19
1.4放線菌新種的命名22
參考文獻33
第2章放線菌的形態(tài)特征與現代分類基本技術39
2.1放線菌顯微觀察技術39
2.2放線菌菌種純化技術52
2.3放線菌的培養(yǎng)技術54
2.4放線菌細胞大小的測定技術55
2.5放線菌的基本形態(tài)58
2.6放線菌的培養(yǎng)特征62
2.7放線菌性別判定技術65
2.8放線菌的分離技術66
參考文獻68
第3章放線菌生理生化特性分類技術70
3.1生理生化分類技術70
3.2API細菌鑒定系統(tǒng)82
3.3Biolog全自動微生物鑒定系統(tǒng)89
參考文獻90
第4章化學分類技術91
4.1細胞壁化學類型91
4.2全細胞水解糖分類技術93
4.3枝菌酸分類技術97
4.4醌組分分類技術102
4.5磷酸類脂分類技術104
4.6脂肪酸組分分類技術108
4.7肽聚糖型分類技術112
參考文獻115
第5章基因型分類技術117
5.1放線菌基因組DNA提取117
5.2PCR反應與產物純化技術118
5.3基因克隆121
5.4凝膠電泳技術123
5.5現代測序技術126
5.616S rRNA基因序列分析130
5.7DNA(G+C)含量測定技術130
5.8DNA雜交技術137
5.9引物設計與菌株的快速鑒別141
5.10多位點序列分析技術152
參考文獻157
第6章生物軟件在放線菌分類中的應用技術160
6.1序列拼接技術160
6.2Clustal X多序列比對技術175
6.3系統(tǒng)進化樹構建技術182
6.4Sequin軟件提交序列技術221
參考文獻227
第7章放線菌基因組分類技術228
7.1放線菌基因組的特點228
7.2基因組時代放線菌系統(tǒng)分類研究的現狀230
7.3新型的用于系統(tǒng)發(fā)育分析的基因組特征序列232
7.4Signature Indels和Signature Proteins在放線菌系統(tǒng)發(fā)育研究中的應用233
7.5放線菌基因組分類學的展望238
參考文獻239
第8章網絡在線分類技術242
8.1NCBI 及BLAST的使用242
8.2RDP數據庫使用介紹247
8.3EzBioCloud數據庫使用介紹251
8.4LPSN網站介紹257
8.5WDCM網站介紹260
8.6BankIt在線提交核酸序列261
參考文獻266