R與ASReml-R統(tǒng)計(jì)分析教程

第1章 R語言簡介
1.1 R語言
1.2 R的特點(diǎn)
1.3 R的資源
1.4 R的安裝與運(yùn)行
1.4.1 R軟件的安裝、啟動與關(guān)閉
1.4.2 R程序包的安裝與使用
1.5 Rstudio的安裝與運(yùn)行
第2章 數(shù)據(jù)集創(chuàng)建
2.1 數(shù)據(jù)的創(chuàng)建
2.1.1 向量的建立
2.1.2 數(shù)組的建立
2.1.3 矩陣的建立
2.1.4 數(shù)據(jù)框的建立
2.1.5 列表的建立
2.1.6 因子的建立
2.1.7 對象的模式和屬性
2.2 數(shù)據(jù)的輸入
2.2.1 鍵盤輸入
2.2.2 使用scan（）函數(shù)
2.2.3 導(dǎo)入csv文件
2.2.4 導(dǎo)入Excel數(shù)據(jù)
2.2.5 導(dǎo)入SAS數(shù)據(jù)
2.2.6 導(dǎo)入SPSS數(shù)據(jù)
2.2.7 其他方式導(dǎo)入
2.3 數(shù)據(jù)的存儲
第3章 數(shù)據(jù)操作
3.1 變量的創(chuàng)建與刪除
3.2 變量的重命名
3.3 缺失值的處理
3.4 數(shù)據(jù)類型的轉(zhuǎn)換
3.5 數(shù)據(jù)的排序
3.6 數(shù)據(jù)集的合并
3.6.1 列合并
3.6.2 行合并
3.7 數(shù)據(jù)子集的提取
3.7.1 根據(jù)位置選取子集
3.7.2 根據(jù)列名選取子集
3.7.3 使用subset（）函數(shù)
3.8 數(shù)據(jù)的整合與重構(gòu)
3.8.1 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)置
3.8.2 數(shù)據(jù)整合
3.8.3 使用reshape2包
3.9 處理數(shù)據(jù)常用的函數(shù)
3.10數(shù)據(jù)探索
3.10.1 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)查看
3.10.2 查看單個變量
3.10.3 查看多個變量
3.10.4 其他查看方法
3.10.5 保存統(tǒng)計(jì)圖形
3.11循環(huán)控制和條件操作
3.11.1 條件語句
3.11.2 循環(huán)語句
3.12自編函數(shù)
第4章 常用統(tǒng)計(jì)分析
4.1 描述性統(tǒng)計(jì)分析
4.1.1 使用summaryr（）函數(shù)
4.1.2 使用stat.desc（）函數(shù)
4.1.3 使用describe（）函數(shù)
4.2 頻數(shù)表分析
4.3 方差分析
4.3.1 單因素方差分析
4.3.2 無重復(fù)試驗(yàn)的雙因素方差分析
4.3.3 等重復(fù)試驗(yàn)的雙因素方差分析
4.3.4 多元方差分析
4.4 協(xié)方差分析
4.5 顯著性檢驗(yàn)——t檢驗(yàn)
4.5.1 單樣本檢驗(yàn)
4.5.2 獨(dú)立的雙樣本t檢驗(yàn)
4.5.3 非獨(dú)立的雙樣本t檢驗(yàn)
4.6 x2檢驗(yàn)
4.6.1 適合性檢驗(yàn)
4.6.2 獨(dú)立性檢驗(yàn)
4.7 線性回歸
4.7.1 簡單線性回歸
4.7.2 多項(xiàng)式回歸
4.7.3 多元線性回歸
4.7.4 有交互項(xiàng)的多元線性回歸
4.7.5 回歸診斷
4.7.6 異常值判斷
4.7.7 回歸模型的改進(jìn)措施
4.7.8 最佳回歸模型的選擇
4.7.9 廣義線性模型
4.8 相關(guān)分析
4.8.1 相關(guān)的類型
4.8.2 相關(guān)顯著性的檢驗(yàn)
4.8.3 相關(guān)關(guān)系的可視化
4.9 常用試驗(yàn)設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)分析
4.9.1 完全隨機(jī)設(shè)計(jì)
4.9.2 隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì)
4.9.3 拉丁方設(shè)計(jì)
4.9.4 平衡不完全區(qū)組設(shè)計(jì)
4.9.5 正交試驗(yàn)設(shè)計(jì)
4.9.6 裂區(qū)設(shè)計(jì)
4.9.7 巢式設(shè)計(jì)
4.9.8 全因子設(shè)計(jì)
4.10功效分析
4.10.1 功效分析
4.10.2 繪制功效分析圖
4.11主成分和因子分析
4.11.1 主成分分析
4.11.2 因子分析
4.12聚類分析
4.12.1 系統(tǒng)聚類法
4.12.2 動態(tài)聚類法
第5章 統(tǒng)計(jì)圖形繪制
5.1 基礎(chǔ)繪圖
5.1.1 條形圖
5.1.2 餅圖
5.1.3 直方圖
5.1.4 核密度圖
5.1.5 散點(diǎn)圖
5.1.6 熱圖
5.1.7 等高圖
5.1.8 三維透視圖
5.1.9 小提琴圖
5.1.10顏色等高圖
5.1.11散點(diǎn)圖矩陣
5.1.12條件圖
5.1.13相關(guān)圖
5.1.14地圖
5.2 高級繪圖
5.2.1 lattice包
5.2.2 ggplot2包
5.3 基礎(chǔ)繪圖常用參數(shù)
5.3.1 顏色
5.3.2 符號和線條
5.3.3 標(biāo)題
5.3.4 圖例
5.3.5 坐標(biāo)軸
5.3.6 多圖組合
第6章 ASReml-R包與遺傳參數(shù)估算
6.1 ASReml程序包的介紹
6.2 ASReml-R的基本語法
6.2.1 單性狀分析
6.2.2 雙性狀分析
6.3 林業(yè)試驗(yàn)常用模型
6.4 遺傳參數(shù)估算
6.4.1 半同胞子代測定
6.4.2 全同胞子代測定
6.4.3 無性系測定
6.4.4 空間分析
6.4.5 多地點(diǎn)試驗(yàn)——G×E分析
6.4.6 遺傳相關(guān)分析
6.5 綜合案例分析
常用網(wǎng)址
參考文獻(xiàn)
索引
程序包名單