化學圖文設計與分子模擬計算

第1章 計算機與化學
1．1 計算機與化學
1．1．1 計算機化學
1．1．2 計算化學
1．1．3 理論化學
1．1．4 量子化學
1．2 計算機化學的發(fā)展
1．3 我國計算（機）化學的發(fā)展概況
1．4 分子模擬與量化計算簡介
1．4．1 分子模擬的意義
1．4．2 分子模擬的一般過程
1．4．3 分子模型的構(gòu)建
1．4．4 分子模擬的方法
1．5 常用化學軟件簡介
1．5．1 化學圖文設計軟件
1．5．2 計算化學與分子模擬軟件
1．5．3 化學數(shù)據(jù)庫
1．5．4 圖譜解析軟件
1．5．5 數(shù)據(jù)處理軟件
1．5．6 文獻管理軟件
1．6 計算化學應用
1．7 計算機化學的學習方法
1．8 相關(guān)網(wǎng)站及參考書
第2章 ChemSketch的使用
2．1 ChemSketch概述
2．1．1 主要功能
2．1．2 軟件界面
2．2 結(jié)構(gòu)模式
2．2．1 常用工具與快捷按鈕
2．2．2 基本操作
2．2．3 高級操作
2．2．4 二維優(yōu)化
2．2．5 三維優(yōu)化
2．2．6 模板的應用
2．2．7 模板的管理
2．3 繪圖模式
2．3．1 常用工具與快捷按鈕
2．3．2 反應能量圖
2．3．3 原子軌道圖
2．3．4 實驗裝置圖
2．4 分子性質(zhì)的預測
第3章 ChemBioDraw的使用
3．1 ChemBioDraw概述
3．1．1 版本介紹
3．1．2 運行系統(tǒng)要求
3．1．3 新特性
3．2 ChemBioDraw工具欄與文檔
3．2．1 工具欄與窗口顯示
3．2．2 文檔操作
3．2．3 頁面設置
3．3 ChemBioDraw操作實例
3．3．1 畫丙酮分子
3．3．2 使用環(huán)工具
3．3．3 畫反應式
3．3．4 畫中間體
3．3．5 使用碎片工具
3．3．6 畫多點配位結(jié)構(gòu)
3．3．7 費歇爾投影式
3．3．8 畫透視圖
3．3．9 畫紐曼投影式
3．3．10 使用立體化學標記
3．3．11 使用模板
3．4 結(jié)構(gòu)式的基本畫法
3．4．1 選擇對象
3．4．2 化學鍵
3．4．3 環(huán)
3．4．4 脂肪鏈
3．4．5 畫DNA、RNA序列
3．4．6 展開標簽與壓縮標簽
3．4．7 說明文本與原子標注
3．5 結(jié)構(gòu)式的高級技法
3．5．1 連接對象
3．5．2 組合對象
3．5．3 反映結(jié)構(gòu)
3．5．4 整理結(jié)構(gòu)
3．5．5 原子編號
3．5．6 使用模板
3．5．7 定義別名
3．5．8 三維預覽
3．6 查詢結(jié)構(gòu)
3．6．1 原子屬性
3．6．2 鍵屬性
3．6．3 通用別名
3．6．4 列表元素
3．6．5 聚合物表示法
3．6．6 替換基團
3．6．7 展開查詢結(jié)構(gòu)
3．6．8 反應映射圖
3．7 結(jié)構(gòu)與性質(zhì)
3．7．1 檢查結(jié)構(gòu)
3．7．2 分析窗口
3．7．3 估算化學性質(zhì)
3．7．4 體化學性質(zhì)
3．7．5 化學計量網(wǎng)格
3．7．6 從結(jié)構(gòu)到命名
3．7．7 從命名到結(jié)構(gòu)
3．7．8 估算NMR的化學位移
3．8 繪圖工具的使用
3．8．1 軌道工具
3．8．2 化學符號工具
3．8．3 箭頭與曲線工具
3．8．4 基本繪圖工具
3．8．5 括號工具
3．8．6 TLC工具
3．8．7 生物繪圖工具
第4章 ChemBio3D的使用
4．1 ChemBio3D簡介
4．1．1 版本介紹
4．1．2 量化程序接口
4．1．3 新特性
4．2 ChemBio3D基礎
4．2．1 ChemBio3D主界面
4．2．2 菜單命令
4．2．3 工具欄
4．3 ChemBio3D實例
4．3．1 熟悉ChemDraw面板
4．3．2 使用畫鍵工具和旋轉(zhuǎn)工具
4．3．3 使用文本工具
4．3．4 分析乙烷的構(gòu)象
4．3．5 使用二面角驅(qū)動器
4．3．6 重疊模型
4．3．7 對接模型
4．3．8 HOMO和LUMO軌道
4．3．9 繪制表面圖
4．3．10 局部電荷
4．4 模型的創(chuàng)建
4．4．1 設置構(gòu)建模型的選項
4．4．2 使用鍵工具建模
4．4．3 使用ChemDraw面板
4．4．4 使用文本工具建模
4．4．5 使用坐標表建模
4．4．6 模型坐標
4．4．7 參數(shù)表與測量表
4．5 模型的修改
4．5．1 選擇對象
4．5．2 改變元素
4．5．3 改變鍵級
4．5．4 添加分子碎片
4．5．5 使用測量表
4．5．6 設置電荷
4．5．7 原子編號
4．5．8 改變立體化學構(gòu)型
4．5．9 優(yōu)化模型
4．5．10 顯示和隱藏原子
4．5．11 移動模型
4．5．12 旋轉(zhuǎn)模型
4．5．13 改變模型大小
4．6 模型的顯示
4．6．1 結(jié)構(gòu)顯示
4．6．2 分子表面顯示
4．6．3 彈出信息
4．6．4 查看測量表
4．6．5 查看原子屬性表
4．6．6 查看分子內(nèi)坐標表
4．6．7 查看笛卡兒坐標表
4．6．8 模型瀏覽器
4．6．9 結(jié)構(gòu)瀏覽器
4．6．10 偏離平面
4．7 模型的輸出
4．7．1 打印與保存
4．7．2 復制與封裝
4．8 分子模擬入門
4．8．1 計算方法概述
4．8．2 分子力學理論
4．8．3 分子動力學模擬
4．9 MOPAC計算接口
4．9．1 計算實例
4．9．2 能量最小化
4．9．3 優(yōu)化到過渡態(tài)
4．9．4 選擇方法
4．9．5 計算性質(zhì)
4．9．6 文件管理
4．10 Gaussian計算接口
4．10．1 Gaussian接口
4．10．2 能量最小化計算
4．10．3 優(yōu)化到過渡態(tài)
4．10．4 計算性質(zhì)
4．10．5 創(chuàng)建輸入文件
4．10．6 運行輸入文件
4．10．7 查看輸出結(jié)果
第5章 Gaussian的使用
5．1 Gaussian概述
5．1．1 軟、硬件要求
5．1．2 硬盤分區(qū)方案
5．1．3 安裝軟件
5．1．4 指定Scratch文件目錄
5．1．5 設置內(nèi)存和硬盤空間
5．1．6 Gaussian03的鏈接
5．2 啟動Gaussian程序
5．2．1 啟動程序
5．2．2 工作環(huán)境初始化設置
5．3 創(chuàng)建Gaussian輸入文件
5．3．1 使用GO3W創(chuàng)建
5．3．2 使用ChemBio3D創(chuàng)建
5．3．3 使用GaussView創(chuàng)建
5．3．4 使用文本編輯器
5．4 執(zhí)行Gaussian計算作業(yè)
5．4．1 在GO3w中運行
5．4．2 在ChemBio3D中運行
5．4．3 在GaussView中運行
5．5 查看Gaussian計算結(jié)果
5．5．1 用文本編輯器查看
5．5．2 用GaussView顯示分子的振光譜和NMR譜
5．5．3 用HyperChem進行簡振模式分析
5．5．4 用ChemBio3D顯示計算結(jié)果
5．6 運用Gaussian的基本技巧
5．6．1 [Utilities]菜單命
5．6．2 配合使用的輔助軟件
5．6．3 輔助軟件聯(lián)用
5．7 Gaussian應用實例
5．7．1 單點能計算
5．7．2 幾何優(yōu)化
5．7．3 頻率計算
5．7．4 高精度計算
5．7．5 化學反應研究
5．7．6 激發(fā)態(tài)計算
5．7．7 溶液中的反應
第6章 GaussView的使用
6．1 GaussView基礎
6．1．1 分子集、模型和視圖
6．1．2 菜單命令與工具欄
6．1．3 GaussView參數(shù)選擇
6．2 構(gòu)建分子
6．2．1 使用工具面板
6．2．2 構(gòu)建分子實例
6．2．3 查看與調(diào)整結(jié)構(gòu)參數(shù)
6．2．4 高級構(gòu)建功能
6．3 顯示與保存分子視圖
6．3．1 管理分子視圖
6．3．2 文件操作
6．3．3 打印及保存圖片
6．3．4 指定默認文件位置
6．4 創(chuàng)建Gaussian作業(yè)
6．4．1 計算設置面板
6，4．2 設置特殊任務
6．4．3 為作業(yè)設置默認值
6．4．4 快速運行作業(yè)
6．4．5 觀察和控制計算
6．4．6 指定如何運行CO3w
6．5 查看Gaussian結(jié)果
6．5．1 顯示結(jié)果數(shù)據(jù)摘要
6．5．2 顯示原子電荷
6．5．3 顯示表面和等高線
6．5．4 顯示振動模式及光譜
6．5．5 顯示NMR光譜
6．5．6 顯示紫外可見光譜
6．5．7 查看其他圖形
附錄 能量單位