計(jì)算化學(xué)：從理論化學(xué)到分子模擬

序
前言
符號(hào)說(shuō)明
緒言
參考文獻(xiàn)
基本原理篇
　第1章 體系的經(jīng)典力學(xué)描述
　 1.1 基本概念
　 1.2 經(jīng)典力學(xué)
　　　1.2.1 最小作用量原理和Lagrange方程
　　　1.2.2 Hamilton E則方程
　　　1.2.3 最小作用量原理與：Hamilton正則方程
　　　1.2.4 Hamilton—Jacobi方程
參考文獻(xiàn)
　第2章 勢(shì)能面
　 2.1 Hohenberg-Kohn第一定理
　 2.2 分子結(jié)構(gòu)文件表達(dá)方法
　　　2.2.1 直角坐標(biāo)表達(dá)法
　　　2.2.2 內(nèi)坐標(biāo)法
　 2.3 勢(shì)能面及其特征
　 2.4 力場(chǎng)方法
　　　2.4.1 力場(chǎng)方法的勢(shì)能表達(dá)形式
　　　2.4.2 力場(chǎng)方法的本質(zhì)和改進(jìn)
　 2.5 能量極小化
　　　2.5.1 單純形法
　　　2.5.2 最速下降法
　　　2.5.3 共軛梯度法
　　　2.5.4 Newton-Raphson法
　2.6 尋找過(guò)渡態(tài)
　　　2.6.1 過(guò)渡態(tài)附近的勢(shì)能面特征
　　　2.6.2 勢(shì)能梯度的模方
參考文獻(xiàn)
　第3章 分子動(dòng)力學(xué)方法
　 3.1　初等分子動(dòng)力學(xué)原理
　　　3.1.1　Verlet法
　　　3.1.2　蛙跳法
　　　3.1.3　速度Verlet法
　　　3.1.4　位置Verlet法
　　　3.1.5　Beeman法
　　　3.1.6　Gear法.
　3.2　隨機(jī)動(dòng)力學(xué)模擬
　　　3 2.1 Langovin方程及其形式解
　　　3.2.2　隨機(jī)動(dòng)力學(xué)中的蛙跳法
　3.3　限制性和約束性分子動(dòng)力學(xué)模擬
　　　3.3.1　限制性分子動(dòng)力學(xué)模擬.
　　　3.3.2　約束性分子動(dòng)力學(xué)模擬——SHAKE法
　3.4　恒壓體系的模擬
　　　3.4.1　標(biāo)度變換恒壓法
　　　3.4.2 (NpH)系綜的恒壓擴(kuò)展法(Andersen法）
　　　3.4.3 晶胞可變的(NpH)系綜的模擬——Parrinello-Rahman法
　3.5　恒溫體系的模擬
　　　3.5.1 Woodcock變標(biāo)度恒溫法
　　　3.5.2 Berendsen變標(biāo)度恒溫法.
　　　3.5.3 Andersen熱浴法
　　　3.5.4　恒溫?cái)U(kuò)展法——Nose動(dòng)力學(xué)
　　　3.5.5　Hoover動(dòng)力學(xué)
　3.6　經(jīng)典力學(xué)及其算符方法
　　　3.6.1　概率密度分布函數(shù)、Liouville方程
　　　3.6.2　經(jīng)典Liouville算符、力學(xué)量的時(shí)間演化
　　　3.6.3　經(jīng)典演化算符、時(shí)間反演對(duì)稱(chēng)性
　　　3.6.4　Trotter定理和經(jīng)典演化算符的因子化
　 3.7　多重時(shí)間尺度積分的分子動(dòng)力學(xué)模擬
　 3.8　Hamilton體系的辛算法
　　　3.8.1　Hamilton力學(xué)的辛結(jié)構(gòu).
　　　3.8.2　正則變換的辛結(jié)構(gòu).
　　　3.8.3　線性Hamilton體系
　　　3.8.4 線性Hamilton體系的基于Pade逼近的辛格式
　　　3.8.5　非線性Hamilton體系的Euler中點(diǎn)辛格式
　　　3.8.6　辛算法實(shí)例
　3.9　Poincae回歸定理與分子動(dòng)力學(xué)模擬
　　　3.9.1　Poincare回歸定理
　　……
　第4章 Monte Carlo模擬
　第5章 相關(guān)函數(shù)
　第6章 近平衡態(tài)的量子統(tǒng)計(jì)理論
應(yīng)用篇
　第7章 熱化學(xué)
　第8章 輸運(yùn)性質(zhì)
　第9章 分子光譜的模擬
　第10章 固體材料
　第11章 統(tǒng)計(jì)數(shù)學(xué)在藥物、材料設(shè)計(jì)上的應(yīng)用
附錄
索引