生物信息學(xué)應(yīng)用技術(shù)

第1章　信息學(xué)與生物信息學(xué)技術(shù)　1.1　信號、信息、密碼與生物信息學(xué)技術(shù)　1.2　生物信息學(xué)技術(shù)特點(diǎn)　　1.2.1　生物信息的儲(chǔ)存與傳遞　　1.2.2　生物信息傳遞的密碼子　　1.2.3　信息和密碼的層次性　　1.2.4　信息傳遞中的“非等價(jià)”與多義表達(dá)　　1.2.5　內(nèi)含子、重復(fù)序列與DNA多態(tài)性　　1.2.6　基因突變和中性突變理論　1.3　生物系統(tǒng)的復(fù)雜性和生物信息學(xué)技術(shù)研究的局限性第2章　生物信息數(shù)據(jù)　2.1　核酸的序列與表示方式　2.2　蛋白質(zhì)的序列與表示方式　2.3　生物信息數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)格式　　2.3.1　序列最簡單注釋的FASTA格式　　2.3.2　序列詳細(xì)注釋的GenBank格式　　2.3.3　序列詳細(xì)注釋的EMBL格式　2.4　生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)格式第3章　生物信息數(shù)據(jù)庫　　3.1　生物信息數(shù)據(jù)庫概述　　3.1.1　數(shù)據(jù)庫　　3.1.2　生物信息數(shù)據(jù)庫　　3.1.3　生物信息數(shù)據(jù)庫分類及發(fā)展方向　3.2　核酸序列數(shù)據(jù)庫　　3.2.1　核酸序列基本數(shù)據(jù)庫　　3.2.2　核酸序列二級數(shù)據(jù)庫　3.3　蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫　　3.3.1　蛋白質(zhì)序列基本數(shù)據(jù)庫　　3.3.2　蛋白質(zhì)序列二級數(shù)據(jù)庫　3.4　生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫　　3.4.1　生物大分子結(jié)構(gòu)基本數(shù)據(jù)庫　　3.4.2　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)二級數(shù)據(jù)庫第4章　生物信息的檢索及策略　4.1　生物信息檢索及概述　　4.1.1　信息檢索概念　　4.1.2　檢索系統(tǒng)的類型　　4.1.3　生物檢索系統(tǒng)　　4.1.4　信息檢索策略　4.2　NCBI數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)Enterz　　4.2.1 美國國家生物技術(shù)信息中心NCBI　　4.2.2　NCBI數(shù)據(jù)庫　　4.2.3　Enterz簡介　　4.2.4　Enterz系統(tǒng)檢索規(guī)則與策略　　4.2.5　Enterz檢索策略的定制　4.3　EBI的數(shù)據(jù)庫檢索策略系統(tǒng)SRS第5章　序列的分析與相似性搜索　5.1　序列分析與相似性搜索概述　5.2　序列比對　　5.2.1　序列比對的原理　　5.2.2　記分規(guī)則　　　5.2.3　序列比對算法　　5.2.4　多序列比對算法　5.3　基于相似性分析的數(shù)據(jù)庫搜索　　5.3.1　局域比對搜索工具BLAST　　5.3.2　BLAST的檢索程序與功能　5.4　序列分析軟件　　5.4.1　本地機(jī)上進(jìn)行序列的簡單分析　　5.4.2　利用序列相似性搜索對蛋白質(zhì)序列的功能注釋與分析第6章　系統(tǒng)發(fā)育分析與分子進(jìn)化　6.1　生物分類與系統(tǒng)分析概述　　6.1.1　生物分類系統(tǒng)　　6.1.2　系統(tǒng)發(fā)育分類學(xué)　　6.1.3　生物進(jìn)行過程　　6.1.4　系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)行樹：進(jìn)行關(guān)系的表示方法　　6.1.5　系統(tǒng)進(jìn)化的分析方法　　6.1.6　分子進(jìn)化與中性學(xué)說　　6.1.7　分子進(jìn)化研究的重要意義 6.2　分子進(jìn)化分析的方法與流程 6.2.1 系統(tǒng)學(xué)的建樹方法 6.2.2　建樹算法比較 6.2.3　分子進(jìn)化分析的流程 6.3　分子進(jìn)化樹分析軟件 6.3.1　多序列比對軟件 6.3.2　進(jìn)化分析軟件 6.3.3　樹結(jié)構(gòu)顯示軟件 6.4　系統(tǒng)發(fā)育分析／分子進(jìn)化分析示例 6.4.1 基于細(xì)胞色素c氨基酸序列的真核生物系統(tǒng)發(fā)育分析 6.4.2　基于12S rRNA基因序列的鸛形目鳥類系統(tǒng)發(fā)育分析 6.5　NCBI上的系統(tǒng)分類 6.5.1 NCBI的系統(tǒng)分類數(shù)據(jù)庫 6.5.2　NCBI的分類瀏覽器 6.6　進(jìn)化分析所涉及的13種鸛形目鳥類的形態(tài)分類簡介第7章　生物大分子三維結(jié)構(gòu)的可視化分析 7.1 分子三維結(jié)構(gòu)可視化概述 7.1.1 分子結(jié)構(gòu)模型的建立 7.1.2　模型可視化的建立方法 7.2　分子結(jié)構(gòu)的顯示模型 7.2.1　小分子的顯示模型 7.2.2　生物大分子的結(jié)構(gòu)顯示模型 7.2.3　生物大分子的分子表面模型 7.2.4　光影效果及分辨率 7.3　生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)文件的獲取 7.3.1 生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的瀏覽 7.3.2　結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)文件的檢索與下載 7.4　生物大分子三維結(jié)構(gòu)的可視化分析軟件 7.4.1 RasMol軟件 7.4.2　VMD軟件 7.4.3　PyMOL軟件第8章　同源模建及分子動(dòng)力學(xué)模擬分析 8.1 生物大分子立體結(jié)構(gòu)研究概述 8.1.1 生物大分子結(jié)構(gòu)確定方法 8.1.2　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的同源模建 8.1.3　同源模建的基本步驟 8.2　細(xì)胞色素c蛋白的同源模建 8.2.1　利用SWISS-MODEL服務(wù)器進(jìn)行同源模建 8.2.2　模建結(jié)構(gòu)的輸出與分析 8.2.3　利用SWISS—PDBViewer軟件比對分析目標(biāo)與模板結(jié)構(gòu) 8.3　分子動(dòng)力學(xué)模擬 8.3.1 分子動(dòng)力學(xué)簡述 8.3.2　分子動(dòng)力學(xué)模擬的重要性 8.3.3　分子動(dòng)力學(xué)模擬的基本概念 8.3.4　分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件 8.3.5　利用NAMD進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬與分析第9章　Origin數(shù)據(jù)分析與圖表繪制軟件 9.1　軟件概述 9.1.1　軟件界面 9.1.2　菜單欄 9.2　數(shù)據(jù)管理 9.2.1　數(shù)據(jù)的輸入 9.2.2　數(shù)據(jù)計(jì)算與格式設(shè)定 9.3　圖表的繪制 9.3.1　數(shù)據(jù)工具欄 9.3.2　二維圖表的繪制 9.3.3　圖表的編輯與修飾 9.3.4　多圖層圖表的繪制 9.3.5　圖表中多個(gè)坐標(biāo)軸的創(chuàng)建 9.3.6　三維圖表的繪制 9.4　數(shù)據(jù)分析與非線性擬合 9.4.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析 9.4.2　圖表中數(shù)據(jù)誤差分布的標(biāo)注 9.4.3　實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的曲線擬合分析第10章　Reference Manoger參考文獻(xiàn)管理軟件 10.1　軟件概述 10.1.1 RM主要功能 10.1.2　在線幫助 10.1.3　數(shù)據(jù)庫的容量 10.1.4　參考文獻(xiàn)的類型 10.2　RM數(shù)據(jù)庫的瀏覽與編輯 10.2.1 打開Sample數(shù)據(jù)庫 10.2.2　自定義參考文獻(xiàn)的列表顯示 10.2.3　數(shù)據(jù)庫間參考文獻(xiàn)的操作 10.3　RM數(shù)據(jù)庫的建立 10.3.1 互聯(lián)網(wǎng)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的檢索輸入 10.3.2　參考文獻(xiàn)的批量輸入 10.3.3　文獻(xiàn)記錄的插入與編輯 10.3.4　拼寫檢查與文獻(xiàn)校對 10.4　數(shù)據(jù)庫的檢索 10.4.1　檢索策略的建立 10.4.2　檢索流程 10.5　同義詞組的管理與使用 10.5.1　詞組的編輯 10.5.2　同義詞的建立 10.5.3　期刊雜志列表的復(fù)制 10.5.4　利用同義詞組檢索參考文獻(xiàn) 10.6　在字處理程序中建立參考文獻(xiàn)列表目錄 10.6.1 Word字處理程序中的RM工具欄 10.6.2　利用RM在論文寫作中引用文獻(xiàn) 10.6.3　參考文獻(xiàn)引用及列表格式的生成參考文獻(xiàn)