蛋白質(zhì)組學原理

第1章 從基因組學到蛋白質(zhì)組學
1.1 引言
1.2 大規(guī)模生物學的起源
1.3 基因組、轉(zhuǎn)錄物組和蛋白質(zhì)組
1.4 DNA和RNA水平上的功能基因組學
1.4.1 轉(zhuǎn)錄物組學
1.4.2 大規(guī)模突變
1.4.3 RNA干擾
1.5 蛋白質(zhì)組學的重要性
1.6 蛋白質(zhì)組學的范疇
1.6.1 序列和結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學
1.6.2 表達蛋白質(zhì)組學
1.6.3 相互作用蛋白質(zhì)組學
1.6.4 功能蛋白質(zhì)組學
1.7 蛋白質(zhì)組學的挑戰(zhàn)
第2章 蛋白質(zhì)分離策略
2.1 引言
2.2 蛋白質(zhì)組學中蛋白質(zhì)的分離——基本原理
2.3 雙向凝膠電泳的原理
2.3.1 利用電泳分離蛋白質(zhì)的基本原理
2.3.2 基于電荷的分離——等電聚焦
2.3.3 基于分子質(zhì)量而非電荷的分離——SDS—PAGE
2.4 蛋白質(zhì)組學中的雙向凝膠電泳
2.4.1 蛋白質(zhì)組學中2DGE的局限性
2.4.2 2DGE分辨率的改進
2.4.3 2DGE靈敏度的改進
2.4.4 雙向電泳凝膠中出現(xiàn)的蛋白質(zhì)
2.4.5 2DGE的自動化
2.5 蛋白質(zhì)組學中液相色譜的原理
2.5.l 使用色譜分離蛋白質(zhì)或者多肽的基本原理
2.5.2 親和色譜
2.5.3 離子交換色譜
2.5.4 反相色譜
2.5.5 尺寸排阻色譜
2.6 多維液相色譜
2.6.1 多維液相色譜與2DGE的比較
2.6.2 蛋白質(zhì)組學中多維液相色譜的應(yīng)用策略
第3章 蛋白質(zhì)鑒定的策略
3.1 引言
3.2 利用抗體對蛋白質(zhì)進行鑒定
3.3 化學降解法確定蛋白質(zhì)序列
3.3.1 完全水解法
3.3.2 用Edman降解法進行蛋白質(zhì)測序
3.3.3 Edman降解法在蛋白質(zhì)組學中的應(yīng)用
3.4 質(zhì)譜在蛋白質(zhì)組學中的應(yīng)用——基本原理和儀器
3.4.1 概述
3.4.2 完整肽離子的重要性
3.4.3 儀器
3.5 使用質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行蛋白質(zhì)鑒定
3.5.1 肽譜(肽質(zhì)量指紋譜)
3.5.2 肽質(zhì)量指紋譜的優(yōu)點和局限性
3.5.3 碎片離子分析
3.5.4 使用質(zhì)譜儀從頭確定蛋白質(zhì)序列
第4章 蛋白質(zhì)定量方法
4.1 引言
4.2 用標準2D膠進行定量蛋白質(zhì)組學研究
4.2.1 從2D膠獲取圖像
4.2.2 蛋白點的檢測、定量和比較
4.3 多重蛋白質(zhì)組學
4.3.1 差異凝膠電泳
4.3.2 多重染色平行分析
4.4 質(zhì)譜技術(shù)應(yīng)用于定量蛋白質(zhì)組學
4.4.1 ICAT試劑
4.4.2 消化后非選擇性標記肽段
4.4.3 體內(nèi)同位素標記
4.4.4 質(zhì)量編碼豐度標簽
第5章 蛋白質(zhì)組學與蛋白質(zhì)序列分析
5.1 引言
5.2 蛋白質(zhì)家族與進化關(guān)系
5.2.1 蛋白質(zhì)之間的進化關(guān)系
5.2.2 根據(jù)蛋白質(zhì)序列預(yù)測蛋白質(zhì)功能
5.3 蛋白質(zhì)序列比對的基本原則
5.3.1 蛋白質(zhì)序列間的一致性和相似性
5.3.2 替換打分矩陣
5.3.3 配對相似性搜索
5.3.4 序列聯(lián)配的顯著性
5.3.5 多序列聯(lián)配
5.4 尋找蛋白質(zhì)遠緣關(guān)系
5.4.1 PSLBLAST
5.4.2 模式識別
5.5 通過相似性檢索進行功能注釋的缺點
5.6 功能注釋的其他方法
第6章 結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學
6.1 引言
6.2 蛋白質(zhì)組學中蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的價值
6.2.1 結(jié)構(gòu)一功能的一致性
6.2.2 結(jié)構(gòu)一功能的非一致性
6.3 解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的技術(shù)
6.3.1 X射線晶體學
6.3.2 核磁共振譜
6.3.3 結(jié)構(gòu)分析的其他方法
6.4 預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的技術(shù)
6.4.1 從序列數(shù)據(jù)預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)
6.4.2 利用比較模建來預(yù)測三級結(jié)構(gòu)
6.4.3 從頭預(yù)測方法
6.4.4 折疊模式識別
6.5 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的比較
6.6 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分類
6.7 結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學：開始和結(jié)果
第7章 相互作用蛋白質(zhì)組學
7.1 引言
7.2 蛋白質(zhì)一蛋白質(zhì)相互作用分析的原理
7.2.1 遺傳學方法
7.2.2 生物信息學研究方法
7.2.3 依賴于親和力的生物化學方法
7.2.4 物理方法
7.3 文庫法全面分析兩兩蛋白質(zhì)間的相互作用
7.3.1 標準的表達文庫
7.3.2 噬菌體相互作用展示
7.3.3 酵母雙雜交系統(tǒng)
7.4 利用酵母雙雜交系統(tǒng)來研究蛋白質(zhì)組的相互作用
7.4.1 矩陣篩選
7.4.2 文庫矩陣篩選
7.4.3 隨機文庫篩選
7.4.4 酵母雙雜交系統(tǒng)的局限
7.5 用質(zhì)譜方法對復(fù)合物進行系統(tǒng)分析
7.6 蛋白質(zhì)組學中的蛋白質(zhì)定位
7.7 蛋白質(zhì)相互作用圖譜
7.8 蛋白質(zhì)與小分子間的相互作用
第8章 蛋白質(zhì)組學中的蛋白質(zhì)修飾
8.1 引言
8.2 磷蛋白質(zhì)組學
8.2.1 蛋白質(zhì)磷酸化概述
8.2.2 磷蛋白分析樣品的制備
8.2.3 蛋白質(zhì)分離后對磷蛋白進行檢測
8.2.4 磷酸化殘基的鑒定
8.2.5 磷蛋白的鑒定及其磷酸化位點的預(yù)測
8.2.6 定量磷蛋白質(zhì)組學
8.3 糖蛋白質(zhì)組學
8.3.1 糖蛋白
8.3.2 糖蛋白在細胞中的作用
8.3.3 糖蛋白分析
8.3.4 糖蛋白的分離和檢測
8.3.5 糖蛋白的富集
8.3.6 糖蛋白的高通量鑒定和特性
8.4 泛素化蛋白質(zhì)組學
第9章 蛋白質(zhì)芯片和功能蛋白質(zhì)組學
9.1 引言
9.2 不同類型的蛋白質(zhì)芯片
9.2.1 抗體陣列
9.2.2 其他的捕獲試劑
9.2.3 抗原陣列
9.2.4 廣特異性捕獲芯片
9.2.5 功能型蛋白質(zhì)芯片
9.3 蛋白質(zhì)芯片的制作
9.4 檢測和定量蛋白質(zhì)芯片上結(jié)合的蛋白質(zhì)
9.4.1 標記法
9.4.2 無需標記的方法
9.5 新的蛋白質(zhì)芯片技術(shù)
9.5.1 溶液中的珠粒陣列
9.5.2 細胞芯片和組織芯片
第10章 蛋白質(zhì)組學的應(yīng)用
10.1 引言
l0.2 醫(yī)學蛋白質(zhì)組學——疾病診斷
10.2.1 生物標記
10.2.2 采用2DGE和質(zhì)譜技術(shù)發(fā)現(xiàn)生物標記
10.2.3 使用蛋白質(zhì)芯片發(fā)現(xiàn)生物標記物并作模式圖譜
10.3 藥物蛋白質(zhì)組學——藥品研發(fā)
10.3.1 蛋白質(zhì)組學在確定藥物靶標中的作用
10.3.2 蛋白質(zhì)組學和靶標的確證
10.3.3 蛋白質(zhì)組學用于先導化合物的發(fā)展
10.3.4 蛋白質(zhì)組學與臨床研究進展
10.4 蛋白質(zhì)組學和植物生物技術(shù)
10.4.1 植物育種蛋白質(zhì)組學和基因組學
10.4.2 基因修飾植物的蛋白質(zhì)組學分析
10.4.3 蛋白質(zhì)組學和次級代謝的分析
索引