生物序列突變與比對的結構分析

第一部 分序列突變與比對的結構模型
第一章 序列突變與比對問題
1.1 序列突變與比對問題概述
1.2 序列的突變與比對問題的基本模型
1.3 序列的比對的動態(tài)規(guī)劃算法要點
1.4 多重序列比對問題簡介
第二章 生物序列與序列突變的隨機模型
2.1 生物序列的隨機性
2.2 突變發(fā)生隨機流
2.3 由I型突變所產(chǎn)生的隨機序列
2.4 由Ⅱ型突變所產(chǎn)生的隨機序列
2.5 由Ⅲ、Ⅳ型突變所產(chǎn)生的隨機序列
第三章 序列重組的數(shù)據(jù)結構分析
3.1 序列重組問題概論
3.2 二重序列的擴張與壓縮
3.3 多重序列的包絡與核
第四章 序列突變與比對的模結構理論
4.1 序列比對的模結構
4.2 序列的突變的結構分析
4.3 序列突變的運算問題
4.4 二重序列比對的誤差分析
第二部分 序列的比對算法與結構分析
第五章 二重序列比對的統(tǒng)計判決算法
5.1 SPA算法的目標與原理
5.2 SPA算法的基本步驟與改進
5.3 SPA算法的若干指標分析
5.4 序列比對算法的應用與實例分析
第六章 多重序列的兩兩比對問題
6.1 多重序列比對與多重序列的兩兩比對問題
6.2 由多重序列的兩兩比對所產(chǎn)生的拓撲度量空間
6.3 序列進化的拓撲距離圖
6.4 序列結構的聚類分析
第七章 多重序列的突變與比對問題
7.1 多重序列的突變與比對的優(yōu)化準則
7.2 多重序列快速比對的一個實現(xiàn)方案
7.3 多重序列的突變類型分析
7.4 多重序列的突變類型分析（續(xù)）
7.5 多重序列比對結果的實例分析
第八章 蛋白質序列結構分析概論
8.1 蛋白質序列結構分析問題
8.2 蛋白質序列比對與結構分析要點
第三部分 附錄
附錄A 概率與統(tǒng)計的基本知識
A.1 隨機事件與隨機變量
A.2 幾種重要的隨機變量和它們的概率分布
A.3 隨機變量的極限定理
A.4 統(tǒng)計分析簡介
附錄B 隨機過程理論簡介
B.1 隨機過程的一般理論
B.2 獨立隨機序列
B.3 泊松過程與可加過程
B.4 Markov過程
B.5 更新過程與更新理論
B.6 復合更新過程與排隊過程
附錄C 圖論的有關知識
C.1 圖的一般定義與性質
C.2 無向圖的結構與性質
C.3 有向圖的結構與性質
C.4 拓撲距離圖
附錄D 二重與多重序列比對的兩個實例數(shù)據(jù)
D.1 兩個RNA序列的比對問題
D.2 一組RNA序列的多重比對問題
附錄E 有關記號及說明
E.1 有關集合、元素、向量與序列的記號
E.2 有關隨機變量的有關記號
E.3 重要隨機過程記號
E.4 隨機突變模型
E.5 序列擴張、比對與突變的模結構記號
E.6 有關圖論的記號
參考文獻