生物信息學(xué)方法與實踐

總序
序
前言
第1章生物信息學(xué)基礎(chǔ)
1.1計算機網(wǎng)絡(luò)及計算.機)環(huán)境簡介
1.1.lWEB中的部分生物信息學(xué)資源簡介
1.1.2WEB中的重要搜索工具
1.1.3WEB中的部分生物信息學(xué)相關(guān)新聞組資源參考
1.1.4使用基于網(wǎng)絡(luò)的工具
1.1.5電子郵件.e-mail)服務(wù)
1.1.6匿名FTP服務(wù)-獲得軟件的重要途徑
1.1.7網(wǎng)絡(luò)規(guī)則-索取與奉獻
1.1.8從事生物信息學(xué)研究應(yīng)掌握的計算機語言
1.2生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫及其分析
1.2.1基本數(shù)據(jù)庫
1.2.1.lDNA數(shù)據(jù)庫
1.2.1.2基因組數(shù)據(jù)庫
1.2.1.3蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫
1.2.1.4蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
1.2.2常用數(shù)據(jù)庫
1.3基本序列數(shù)據(jù)庫注釋及序列格式
1.3.1基本序列數(shù)據(jù)庫注釋
1.3.2序列格式
1.4信息檢索系統(tǒng)
1.4.]SRS序列檢索系統(tǒng)
1.4.2Entrez信息檢索系統(tǒng)
1.4.3DBGET/LinkDB檢索工具
1.5序列對齊分析
1.5.1記分矩陣
1.5.2空位罰分.
1.5.3兩兩對齊分析
1.5.4多重序列對齊分析
1.5.5序列對庫的對齊檢索分析
1.5.5.1BLAST檢索服務(wù)
1.5.5.2FASTA檢索服務(wù)
1.5.5.3Bl1tZ蛋白質(zhì)序列對庫檢索服務(wù)
1.5.6同源性有效的意義判據(jù)
第2章核酸序列分析
2.1核酸序列的檢索
2.2核酸序列的基本分析
2.2.l分子質(zhì)量、堿基組成、堿基分布
2.2.2序列變換
2.2.3限制性酶切分析
2.2.4克隆測序分析
2.2.4.1測序峰圖查看
2.2.4.2核酸測序中載體序列的識別與去除
2.2.4.3其他人工序列的分析與去除
2.3核酸序列的電子延伸
利用Un1Gene數(shù)據(jù)庫進行電子延伸
2.4基因的電子表達譜分析
2.4.1利用UniGene數(shù)據(jù)庫進行電子表達譜分析
2.4.2利用Tigem的電子原位雜交服務(wù)器進行電子表達譜分析
2.5核酸序列的電子基因定位分析
2.5.1利用STS數(shù)據(jù)庫進行電子基因定位
2.5.2利用UniGene數(shù)據(jù)庫進行電子基因定位
2.5.3直接利用基因組序列進行電子基因定位
2.6CDNA對應(yīng)的基因組序列分析
2.6.1通過從NCBI查詢?nèi)炕蚪M數(shù)據(jù)庫進行基因組序列的分析
2.6.2通過從Sanger中心查詢基因組數(shù)據(jù)庫進行基因組序列的分
2.7基于核酸序列對齊分析的功能預(yù)測
2.7.1基于NCBI/Blast軟件的核酸序列同源性分析
2.7.2兩條核酸序列之間的同源性分析
2.7.3核酸序列之間的多重比對分析及進化分析
2.8可讀框架分析
2.8.lCDNA序列的可讀框架分析
2.8.2基因組序列中的編碼區(qū)/內(nèi)含子結(jié)構(gòu)分析
2.8.2.1斷裂的真核基因
2.8.2.2真核基因外顯子內(nèi)含子連接區(qū)
2.8.2.3基因組序列的內(nèi)含子/外顯子分析
2.8.2.4CDNA序列與基因組序列的對齊及其顯示
2.9基因啟動子及其他DNA調(diào)控位點分析
2.10重復(fù)序列分析
2.10.lRepBaSe
2.10.2利用RepeatMaSker程序分析重復(fù)序列
2.1l引物設(shè)計
2.12向數(shù)據(jù)庫中提交核酸序列
2.12.1EST序列的注冊
2.12.2較長或全長CDNA序列的注冊
2.13從IMAGE協(xié)作組索取相關(guān)克隆
第3章蛋白質(zhì)序列分析實踐
3.1蛋白質(zhì)序列檢索
3.1.l基于網(wǎng)絡(luò)的序列檢索
3.1.1.l從NCBI檢索蛋白質(zhì)序列
3.1.l.2利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列
3.1.2通過e-ma11進行序列檢索
3.2蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析
3.2.1疏水性分析
3.2.2跨膜區(qū)分析
3.2.3前導(dǎo)肽和蛋白質(zhì)定位
3.2.4卷曲螺旋分析
3.3蛋白質(zhì)功能預(yù)測
3.3.1基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測
3.3.1.1基于NCBI/BLast軟件的蛋白質(zhì)序列同源性分析
3.3.1.2基于WU/BlaSt2軟件的蛋白質(zhì)序列同源性分析
3.3.1.3基于FASTA軟件的蛋白質(zhì)序列同源性分析
3.3.2基于m0t1L結(jié)構(gòu)位點、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能白
3.3.2.1mOtlf數(shù)據(jù)庫PROSITE
3.3.2.2PFOR1e數(shù)據(jù)庫
3.3.2.3蛋白質(zhì)序列的輪廓.Profi1e)分析
3.3.2.4HITS蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫
3.3.2.5InbrPrOSCan綜合分析網(wǎng)站
3.3.2.6蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析
3.4蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.4.l蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)資源
3.4.l.1PDB數(shù)據(jù)庫
3.4.1.2NRL-3D數(shù)據(jù)庫
3.4.1.3ISSD數(shù)據(jù)庫
3.4.1.4HSSP數(shù)據(jù)庫
3.4.1.5蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫.SCOP)
3.4.1.6MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫
3.4.1.7Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫
3.4.2蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.4.3蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.4.3.1與已知結(jié)構(gòu)的序列比較
3.4.3.2同源模建
3.4.3.3穿針引線.threading)算法和折疊識別
3.5蛋白質(zhì)分子進化分析
3.5.l蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫.ProtoMap)
3.5.2蛋白質(zhì)序列多重對齊分析及進化分析
第4章常用的生物信息學(xué)資源簡介及其綜臺利用
4.1計算機服務(wù)/開發(fā)環(huán)境的構(gòu)建
4.1.1程序開發(fā)語言
4.1.1.1C語言
4.1.1.2Perl語言
4.1.1.3pHp語言
4.l.2數(shù)據(jù)庫工具
4.1.2.1MySQL數(shù)據(jù)庫工具
4.1.2.2ACeDB數(shù)據(jù)庫及管理工具
4.1.3網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器
4.1.3.1L1nux下的Apache網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器
4.1.3.2WmdOwS下的ApaChe網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器
4.1.4操作系統(tǒng)
4.1.4.1L1nux操作系統(tǒng)
4.1.4.2常用的L1nux命令
4.1.4.3Linux與W1ndowsNT/2000相比的幾個技術(shù)優(yōu)勢
4.1.4.4Linux與Windows系統(tǒng)的集成
4.2Windows下的軟件資源推薦
4.2.1軟件的下載與安裝
4.2.2文件管理軟件-Windows commander
4.2.3文件下載-Net Vampire軟件
4.2.4文件傳輸協(xié)議FTP命令
4.2.5建立FTP服務(wù)器-FTP SeV-U軟件
4.2.6創(chuàng)建網(wǎng)站相關(guān)軟件-Webzip軟件
4.2.7圖形處理軟件-HyperSnap.
4.2.8遠(yuǎn)程登錄/遠(yuǎn)程管理
4.2.8.1Telnet服務(wù)程序
4.2.8.2NetTerm遠(yuǎn)程登錄軟件
4.2.9壓縮與解壓縮工具
4.2.9.1壓縮軟件-Winzip.
4.2.9.2壓縮軟件-WinRAR
4.2.10超大文本編輯軟件-UlbaEdit
4.2.1l程序集成開發(fā)環(huán)境-VisualBASlC
4.2.12網(wǎng)絡(luò)瀏覽器-FastBrowser.
4.3生物信息學(xué)軟件資源
4.3.1Windows環(huán)境下的生物信息學(xué)資源
4.3.1.1序列分析軟件-DNAMAN
4.3.1.2綜合序列分析軟件-BioEdit
4.3.1.3VectorNTI
4.3.1.4引物設(shè)計軟-oligo
4.3.1.5核酸序列分析軟件-GeneTool
4.3.1.6蛋白質(zhì)序列分析軟件-PepTool
4.3.1.7序列分析軟件-Lasergene99
4.3.1.8蛋白質(zhì)三維分子結(jié)構(gòu)顯示軟件-RasMol
4.3.1.9序列分析與管理軟件-Omiga
4.3.1.l0序列多重對齊軟件-ClustalW
4.3.2Linux環(huán)境下的生物信息學(xué)資源.
4.3.3Macintosh環(huán)境下的核酸和蛋白質(zhì)序列分析
4.3.3.lMacOS的部分工具
4.3.3.2MacOs下的生物信息學(xué)分析資源
4.3.4綜合生物信息學(xué)資源-生物軟件網(wǎng)
4.4資源的綜合利用:自建核酸和蛋白質(zhì)序列分析平臺
4.4.lWindows下Blast軟件的本地化實現(xiàn)及其使用
4.4.1.1下載軟件
4.4.1.2軟件解壓縮
4.4.1.3進行系統(tǒng)配置
4.4.1.4Blast軟件的使用
4.4.1.5VisualBASIC程序接口設(shè)計及使用示例
4.4.2Linux系統(tǒng)下命令行方式Blast軟件的安裝與使用.
4.4.3含有Web界面的Blast系統(tǒng)的安裝與使用
4.4.3.lLinux操作系統(tǒng)安裝及局域網(wǎng)組建
4.4.3.2WEB界面Blast軟件的安裝
4.4.3.3檢索用數(shù)據(jù)庫的準(zhǔn)備
4.4.3.4Blast軟件的配置
4.4.3.5Blast分析環(huán)境的使用
4.4.4基于PC/Linux的核酸序列電子延伸系統(tǒng).AutoCTG)的構(gòu)建及其應(yīng)用
4.4.4.1電子序列延伸的生物信息學(xué)策略
4.4.4.2程序設(shè)計
4.4.4.3系統(tǒng)需求
4.4.4.4體系性能的綜合評價
4.4.4.5數(shù)據(jù)庫預(yù)處理
4.4.4.6程序設(shè)計及用法
4.4.4.7人胎肝來源部分EST序列和較長cDNA序列的電子延伸分析
4.4.5基于PCTinux的核酸序列分析系統(tǒng)的構(gòu)建及其應(yīng)用
4.4.5.1本地化核酸序列大規(guī)模自動分析系統(tǒng)的構(gòu)建
4.4.5.2本地化核酸序列大規(guī)模分析體系的使用
4.5實例分析:人ADP-核糖基化因子GTP酶活化蛋白基因的生物信息學(xué)分析
4.5.lcDNA序列分析
4.5.1.1EST序列的獲得
4.5.1.2利用Blast軟件進行序列相似性檢索
4.5.1.3確定轉(zhuǎn)錄物大小
4.5.1.4全長cDNA序列的獲得
4.5.1.5可讀框架分析
4.5.1.6基因名稱確定
4.5.2蛋白質(zhì)序列分析
4.5.2.1基本性質(zhì)分析
4.5.2.2功能位點分析
4.5.2.3結(jié)構(gòu)功能域的確定
4.5.2.4序列多重對齊分析
4.5.3基因組結(jié)構(gòu)分析
4.5.3.1染色體定位分析
4.5.3.2基因組結(jié)構(gòu)確定
4.5.4小結(jié)
附錄
常用詞匯與縮略語表
參考文獻