生物信息學中的計算機技術

第一部分  概述                  
 第一章  計算機時代的生物學                  
 計算是如何改變生物學的?                  
 生物信息學難道僅僅是建立數(shù)據(jù)庫嗎?                  
 信息學對生物學家意味著什么?                  
 生物學給計算機科學家提出了哪些挑戰(zhàn)?                  
 生物信息學家應該有什么樣的技巧?                  
 為什么生物學家應使用計算機?                  
 要進行生物信息學研究應該怎樣設置PC機?                  
 我們能找到什么信息和軟件?                  
 不上課我就能學會一門編程語言嗎?                  
 怎樣利用Web信息?                  
 怎樣理解序列比對數(shù)據(jù)?                  
 怎樣編寫一個程序來比對兩個生物學序列?                  
 怎樣通過序列來預測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)?                  
 生物信息學能回答什么問題?                  
 第二章  生物學問題的計算方法                  
 分子生物學的中心法則                  
 生物學家要建什么樣的模型?                  
 為什么生物學家要建立模型?                  
 本書覆蓋的計算方法                  
 一個計算生物學的實驗                  
 第二部分  生物信息學工作站                  
 第三章  建立工作站                  
 在Unix操作系統(tǒng)下工作                  
 建立一個Linux工作站                  
 如何使軟件運行起來                  
 什么軟件是必需的?                  
 第四章  Unix中的文件和目錄                  
 文件系統(tǒng)基礎                  
 用于目錄和文件的命令                  
 在多用戶環(huán)境中工作                  
 第五章  在Unix系統(tǒng)下工作                  
 Unix Shell                  
 在Unix系統(tǒng)上發(fā)布命令                  
 查看和編輯文件                  
 轉(zhuǎn)換和過濾器                  
 文件統(tǒng)計和比較                  
 正則表達式的語言                  
 Unix Shell腳本                  
 和其他計算機進行通信                  
 在共享環(huán)境中和其他人輕松交流                  
 第三部分  生物信息學工具                  
 第六章  在Web上進行生物學研究                  
 應用搜索引擎                  
 查找科學文獻                  
 公共的生物學數(shù)據(jù)庫                  
 搜索生物學數(shù)據(jù)庫                  
 在公共的數(shù)據(jù)庫中存儲數(shù)據(jù)                  
 查找軟件                  
 判斷信息的質(zhì)量                  
 第七章  序列分析. 成對比對以及數(shù)據(jù)庫搜索                  
 生物分子的化學成分                  
 DNA和RNA的組成                  
 Watson及Crick解決了DNA的結(jié)構(gòu)問題                  
 DNA測序方法的發(fā)展                  
 genefinder和DNA特征的檢測                  
 DNA翻譯                  
 成對序列比較                  
 在生物學數(shù)據(jù)庫進行序列查詢                  
 序列分析的多功能工具                  
 第八章  多序列比對. 進化樹和簡圖                  
 從形態(tài)到分子                  
 多序列比對                  
 系統(tǒng)發(fā)育分析                  
 簡圖和基序                  
 第九章  蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的可視化和結(jié)構(gòu)性質(zhì)的計算                  
 關于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)                  
 蛋白質(zhì)的化學性質(zhì)                  
 基于Web的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)工具                  
 結(jié)構(gòu)可視化                  
 結(jié)構(gòu)分類                  
 結(jié)構(gòu)比對                  
 結(jié)構(gòu)分析                  
 溶劑可接近性和相互作用                  
 計算物理化學性質(zhì)                  
 結(jié)構(gòu)優(yōu)化                  
 蛋白質(zhì)資源數(shù)據(jù)庫                  
 把一切結(jié)合在一起                  
 第十章  根據(jù)序列預測蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能                  
 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的確定                  
 預測蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)                  
 從三維到一維                  
 蛋白質(zhì)序列中的特征檢測                  
 二級結(jié)構(gòu)預測                  
 三維結(jié)構(gòu)預測                  
 把所有的結(jié)合在一起：一個蛋白質(zhì)建模的方案                  
 小結(jié)                  
 第十一章  基因組學和蛋白質(zhì)組學工具                  
 從基因測序到基因組測序                  
 序列組裝                  
 在Web上訪問基因組信息                  
 注釋和分析整個基因組序列                  
 功能基因組學：新的數(shù)據(jù)分析挑戰(zhàn)                  
 蛋白質(zhì)組學                  
 生化途徑數(shù)據(jù)庫                  
 動力學和生理學建模                  
 小結(jié)                  
 第四部分  數(shù)據(jù)庫和可視化                  
 第十二章  用Perl進行數(shù)據(jù)自動化分析                  
 為什么選擇Perl?                  
 Perl基礎                  
 模式匹配和正則表達式                  
 使用Perl解析BLAST輸出                  
 Perl在生物信息學中的應用                  
 第十三章  構(gòu)建生物學數(shù)據(jù)庫                  
 數(shù)據(jù)庫類型                  
 數(shù)據(jù)庫軟件                  
 SQL概論                  
 安裝MySQL DBMS                  
 數(shù)據(jù)庫設計                  
 開發(fā)與數(shù)據(jù)庫互動的基于Web的軟件                  
 第十四章  可視化和數(shù)據(jù)采集                  
 準備數(shù)據(jù)                  
 瀏覽圖形                  
 序列數(shù)據(jù)可視化                  
 網(wǎng)絡和途徑可視化                  
 處理數(shù)字數(shù)據(jù)                  
 可視化：小結(jié)                  
 數(shù)據(jù)采集和生物學信息                  
 參考文獻                  
 詞匯表