成吉思汗統(tǒng)一西域

12世紀(jì)末，西遼在西域的統(tǒng)治出現(xiàn)了危機(jī)，與此同時(shí)，蒙古在北方草原興起，13世紀(jì)初，蒙古統(tǒng)一了散處于葉尼塞河上游一帶的斡亦刺惕部。1209年，高昌國(guó)王亦都護(hù)不堪忍受西遼壓榨，擊殺了鎮(zhèn)守官，歸順了成吉思汗，成吉思汗認(rèn)他為第五子，并把公主婚配給他。西遼的重要屬部噶邏祿等也向成吉思汗投誠(chéng)。1218年，成吉思汗派大將者別率兵兩萬越過阿爾泰山，攻滅西遼，殺屈出律?？κ哺翣?、莎車、和田等城相繼降服，蒙古統(tǒng)一了西域。1219年，成吉思汗親率二十萬大軍西征，次年攻滅阿姆河下游的花剌子模，兼并了中亞地區(qū)。

蒙古統(tǒng)一西域后，即在高昌、別失八里（即北庭，在今吉木薩爾縣境內(nèi)）、阿力麻里（今霍爾果斯附近）、哈實(shí)哈爾（喀什）、葉爾羌（今莎車）、斡端（今和田）等地設(shè)達(dá)魯花赤（地方最高長(zhǎng)官），監(jiān)治西域各地。

成吉思汗晚年，將所征服的領(lǐng)土封給四個(gè)兒子，長(zhǎng)子術(shù)赤分得欽察草原；次子察合臺(tái)分得伊犁河流域、河中地區(qū)、焉耆以西直到咸海地區(qū)；三子窩闊臺(tái)分得天山北路的塔城、額敏、和布克賽爾、阿勒泰等地和蒙古高原西部；幼子拖雷繼承成吉思汗領(lǐng)地，即蒙古中心地區(qū)。高昌作為屬國(guó)，亦都護(hù)的領(lǐng)土予以保留。其中，次子察合臺(tái)與三子窩闊臺(tái)的封地分別位于今新疆北部及中亞的草原地帶。至于西域及中亞的各綠洲農(nóng)業(yè)區(qū)，則歸大汗委派的斷事官（達(dá)魯花赤）直接管轄，達(dá)魯花赤負(fù)責(zé)編查戶口、征收賦稅、簽發(fā)兵丁，權(quán)力很大。最先投奔成吉思汗的高昌亦都護(hù)，則被賦予了蒙古王族的待遇，繼續(xù)統(tǒng)轄境內(nèi)畏兀爾百姓，但必須接受達(dá)魯花赤的監(jiān)督，上繳賦稅。1251年，蒙哥汗繼位，在別失八里（今吉木薩爾）設(shè)立行尚書省，委派麻速忽為省事，管轄天山東部的綠洲農(nóng)業(yè)區(qū)，又在中亞設(shè)立阿姆河行尚書省，委派阿爾渾為省事，管理天山以南、中亞南部綠洲地區(qū)。

海都叛亂

1260年，忽必烈即位為蒙古大汗。1271年，忽必烈即位為皇帝，建立元朝。在此期間，窩闊臺(tái)汗海都和察合臺(tái)汗八喇不滿忽必烈繼承汗位，于是發(fā)動(dòng)了叛亂，元朝在西域的領(lǐng)地為其奪取。

窩闊臺(tái)即大汗位時(shí)，全體宗王曾立下”只要是從窩闊臺(tái)合罕子孫中出來的，哪怕是一塊臭肉，我們?nèi)砸邮芩麨楹埂暗氖难?，貴由汗即位的忽里臺(tái)大會(huì)上，諸王也有類似的宣誓。因此，海都認(rèn)定拖雷后人占據(jù)大汗之位是非法的，故而很早就萌生了反叛的想法。蒙哥死后，阿里不哥與忽必烈爭(zhēng)奪大汗位，海都依附于阿里不哥，與忽必烈為敵，阿里不哥失敗后，海都拒絕歸附忽必烈。至元五年（1268年），開始舉兵東犯元境。他與察合臺(tái)汗國(guó)的八剌先是互相爭(zhēng)戰(zhàn)，繼而相結(jié)納，取得伊犁河谷與可失哈耳（中國(guó)新疆喀什）地區(qū)，并糾集窩闊臺(tái)、察合臺(tái)、術(shù)赤三系諸宗王，在答剌速河（中國(guó)塔拉斯河）畔召開忽里臺(tái)。八剌死后，察合臺(tái)汗國(guó)實(shí)際上成為海都所操持的附庸，它的統(tǒng)治者篤哇追隨海都，多次進(jìn)擾元朝的西北邊境。海都統(tǒng)治下的窩闊臺(tái)汗國(guó)所控制地域，西至可失哈耳與答剌速河谷，南及天山南坡諸城，東抵哈剌火州（中國(guó)新疆吐魯番），北有也兒的石河上游之地，而以伊犁河與答剌速河流域?yàn)橹行?，成為中亞的一大?shì)力。它的存在，對(duì)元朝政治軍事形勢(shì)的發(fā)展、元朝與西方諸汗國(guó)的聯(lián)系、中西交通的往來等方面都帶來巨大影響。中亞、蒙古的某些地區(qū)也因之?dāng)?shù)遭殘破，造成大量流民內(nèi)徙。

不久，元軍收復(fù)阿里麻里，并相繼奪回斡端（和田）與可失哈爾（喀什噶爾）等地。為了加強(qiáng)對(duì)西域的控制，1271年，忽必烈派北平王那木罕建牙（今伊犁霍城），并派兵戍守。1279年，元朝設(shè)置斡端（和田）宣慰使司元帥府，作為管理西域屯戍事宜的最高機(jī)構(gòu)。在此前后，察合臺(tái)軍不斷反攻，元朝先后被迫放棄了阿里麻里、斡端等地。隨著戰(zhàn)線由南向北轉(zhuǎn)移，元朝又設(shè)立了別失八里、火州（吐魯番）等處宣慰使司都元帥府，管理天山東部的駐屯事宜。1286年，元朝又罷黜了斡端元帥府，改別失八里宣慰使司為元帥府，成為西域駐屯軍的最高領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)。1295年，元朝再次設(shè)立了北庭都元帥府，管理東天山北麓的軍政事務(wù)。此外，元朝還先后設(shè)立提刑按察司、北庭都護(hù)府以及哈喇火州總管府等機(jī)構(gòu)，管理吐魯番地區(qū)。

經(jīng)過與元朝的長(zhǎng)期對(duì)抗，窩闊臺(tái)汗國(guó)與察合臺(tái)汗國(guó)的勢(shì)力也日漸削弱。大德五年（1301年），海都侵犯元朝的邊境，在與元朝軍隊(duì)?wèi)?zhàn)斗中受傷，回師途中死去，海都的兒子察八兒繼立。1303年與1306年，察合臺(tái)汗篤哇與窩闊臺(tái)汗察八爾先后歸順元朝，西北宗王之亂平定。大德八年（1309年），篤哇起而與察八兒爭(zhēng)戰(zhàn)，察八兒被篤哇掠奪了其窩闊臺(tái)汗國(guó)西部大部分的城池。元朝海山的軍隊(duì)也同時(shí)逾阿爾泰山，大破察八兒軍。察八兒窮無所依，投往篤哇。窩闊臺(tái)汗國(guó)所屬的諸大藩部一部分歸附元朝，大部分降于篤哇。當(dāng)時(shí)的西域，除了別失八里、火州（吐魯番）、哈密力（哈密）以外，都屬于察合臺(tái)汗國(guó)的統(tǒng)治范圍。1348年，察合臺(tái)汗國(guó)分為東、西兩部。西域又處于東察合臺(tái)汗國(guó)的統(tǒng)治之下。